Фамилия Морхинин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Чтобы понять её корень, стоит начать с суффикса. Окончание -ин указывает на типичную русскую модель образования от основы, оканчивающейся на согласный или гласный «а/я». В данном случае основа — «Морхин», а фамилия в целом означает «чей?» — сын или потомок человека по прозвищу или имени Морхиня. Но что это за основа?

Самая вероятная версия связывает фамилию с диалектным словом «морх» или «морха». В северных и сибирских говорах так называли меховую опушку, бахрому, а также нечто пушистое, всклокоченное. Человек с прозвищем Морха или Морхин мог быть обладателем пышной, лохматой шевелюры или бороды, либо носить одежду с меховой оторочкой. Суффикс -ин в прозвищной форме (Морхиня) мог образоваться от слова «морх» по аналогии с «топор» — «топорина»: то есть «большой, заметный морх» или «тот, кто связан с этим».

Менее вероятна, но допустима версия о происхождении от канонического имени Морх (сокращённая форма от редкого крестильного имени, например, Морфей или Моркиан). Однако прямых подтверждений этому в святцах нет, и диалектная основа выглядит убедительнее.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Основной ареал — северо-запад России, в частности Вологодская и Архангельская области, где слово «морх» было в ходу. В писцовых книгах XVI–XVII веков можно найти крестьян с прозвищем Морхин, но без ударения на второй слог — это разные ветви.

Однокоренные фамилии — Морхов, Морхин — могут иметь ту же основу, но Морхинин выделяется двойным суффиксом: сначала -ин, потом -ин. Такая модель характерна для фамилий, образованных от прозвищ на -иня (Морхиня), где первый суффикс стал частью основы. Таким образом, предок носителя фамилии был, скорее всего, крестьянином или ремесленником, получившим прозвище за внешность или род занятий, а не за знатное происхождение.