Основой фамилии Морункова послужило мирское имя Морунко. Мирское имя Морунко берет начало от глагола «морить», то есть «томить, утомлять, мучить». Имя Морунко, скорее всего, относится к охранительным именованиям. Так, нарекая младенца Морунком, родные хотели, чтобы он прожил счастливую и безбедную жизнь. Не исключено, что фамилия Морунков образована от прозвища Морунко, восходящего к глаголу «морить» со значением «безмерно смешить». Вероятно, именование Морунко отражает особенности характера его обладателя. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Морунко, со временем получил фамилию Морункова.