Фамилия Моржуков образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — Моржуков, то есть сын или потомок Моржука. Основа здесь — прозвище или нецерковное имя Моржук. В русской ономастике суффикс -ук/-юк характерен для украинского, белорусского и южнорусского влияния, но в данной фамилии он мог закрепиться и на севере, где слово «морж» было хорошо известно.

Самая прямая версия — прозвище Моржук дали человеку, который напоминал моржа: либо внешне (крупный, грузный, с усами), либо по поведению (любитель холодной воды, неуклюжий на суше, но ловкий в деле). Моржи в русском фольклоре ассоциировались с силой и выносливостью, поэтому прозвище могло быть уважительным, а не обидным. В северных регионах, особенно в Архангельской губернии и Поморье, где моржей промышляли, прозвище могло закрепиться за охотником или моряком-зверобоем.

Есть и менее очевидная версия: в некоторых говорах «моржук» или «моржок» называли морозного, зябкого человека — от диалектного «моржать» (мерзнуть, коченеть). Тогда фамилия указывала бы на чувствительность к холоду, что звучит контрастно на фоне «моржового» образа, но лингвистически возможно. Однако словари русских говоров фиксируют «моржук» именно как прозвище по животному, а не по состоянию.

Фамилия редкая, не входит в списки массовых русских фамилий. Встречается в основном в центральной России и на Урале, куда переселенцы с севера приносили свои прозвища. Однокоренные фамилии — Моржов, Моржиков, Моржухин — образованы от тех же основ, но с разными суффиксами, что говорит о параллельном бытовании прозвища в разных регионах. Социальный состав носителей, скорее всего, был крестьянским или посадским: прозвища по животным редко давали дворянам, если только не в форме вторичного переосмысления. Точных сведений о дворянских родах Моржуковых нет — фамилия осталась в простонародной среде.