Фамилия Москалык указывает на прозвище прямого предка по мужской линии — Москал. В основе лежит польское слово moskal (украинское «москаль», белорусское «маскаль»), которым обозначали выходца из Москвы или Московского государства, а позднее — русского, часто солдата. В среде, где бытовало это прозвище, его не всегда давали по этническому признаку: так могли прозвать и хитрого, нечистого на руку торговца, который вёл дела с «москалями» или перенимал их манеры. Поэтому не стоит спешить искать среди носителей фамилии только великорусские корни — прозвище могло закрепиться за человеком совсем по другой причине.

Суффикс -ык в фамилии — это уменьшительная или «сыновья» форма, типичная для украинской и белорусской традиции. Фамилии с этим суффиксом образовывались от прозвища отца: Москалык — это буквально «сын Москала» или «маленький Москал». Со временем такая форма закрепилась как самостоятельная фамилия потомков. Аналогичный ряд образуют фамилии Москаленко, Москалев, Москалюк, но суффикс -ык чаще встречается в западных и центральных регионах Украины, а также в Беларуси.

Существует и экзотическая версия, связывающая прозвище с чеченским словом «москал» — «индейка». Она малоправдоподобна: ареал распространения фамилии и её словообразовательная модель говорят о славянской, а не кавказской основе. Скорее всего, перед нами типичный пример того, как прозвище, данное одному человеку, через поколение превратилось в родовое имя его наследников.