Основой фамилии Мотин послужило мирское имя Мотя. Скорее всего, фамилия Мотин образована от имени Мотя – просторечной формы имен Матвей (в переводе с древнееврейского – «дарованный богом») и Матрена (в переводе с латинского – «женщина»). Согласно другой, менее правдоподобной версии, фамилия Мотин происходит от прозвища Мотя. Поэтому можно предположить, что Мотей могли прозвать того, кто занимался мотанием пряжи. Так, Мотей иногда называли мота, гуляку, кутилу, расточителя. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Мотя, со временем получил фамилию Мотин.