Фамилия Мотрикала — редкая и неочевидная, её происхождение нельзя вывести из очевидного русского корня. Скорее всего, она имеет искусственное, семинарское происхождение, либо образована от прозвища, но в обоих случаях основа — не славянская, а латинская или греческая.

Первый и самый вероятный путь: фамилия восходит к латинскому слову matricula — «список, реестр, матрикула». В духовных училищах и семинариях России XVIII–XIX веков будущим священникам нередко давали фамилии, образованные от латинских слов, обозначающих понятия, связанные с учёбой, церковью или администрацией. «Матрикула» — это книга записи учащихся или церковный реестр. Фамилия Мотрикала могла возникнуть как прозвище семинариста, который вёл матрикулы, или как «красивая» фамилия, данная выпускнику при рукоположении. Форма Мотрикала (с «о» в первом слоге и ударением на последний слог) — это русифицированное или диалектное произношение латинского слова, где matricula превратилась в «матрикула», а затем в «мотрикала» под влиянием аканья или простонародного переосмысления.

Вторая версия, менее вероятная, — от прозвища, связанного с глаголом «мотылять» или «мотать» (суетиться, болтаться), но в таком случае фамилия должна была бы иметь суффикс -ов или -ин, а не окончание -а. Окончание -а в русских фамилиях характерно для украинских, белорусских или греческих моделей (например, Мотрикала — как фамилия, оставшаяся в форме прозвища без суффикса). Однако и в украинском языке нет очевидного корня «мотрик-», который бы давал такое значение. Поэтому версия с латинской «матрикулой» остаётся основной.

Суффикс -ала (вместо -ула) — редкий для русских фамилий, что дополнительно указывает на книжное, заимствованное происхождение. Если бы фамилия была народной, она бы скорее звучала как Мотрикалов или Мотрикалин.

Таким образом, предки носителя фамилии Мотрикала с высокой долей вероятности были выходцами из духовного сословия. Фамилия могла принадлежать дьячку, пономарю или священнику, служившему в храме, где велись матрикулы, либо выпускнику семинарии, получившему «говорящую» фамилию по названию учебного документа. Географически такие фамилии встречаются в центральных и южных губерниях Российской империи, где были сильны семинарские традиции.