Фамилия Мойсиенко — характерный пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках стала доминирующей на Левобережной Украине и в Слобожанщине. Суффикс -енко изначально имел значение «маленький» или «сын», поэтому Мойсиенко буквально означает «сын Мойсия». В основе лежит крестильное имя Моисей, которое в украинской народной традиции часто сокращали до разговорной формы Мойсей или Мойсий. Ударение в фамилии падает на суффикс — Мойсие́нко, что тоже типично для этой модели.

Главная особенность фамилии — фонетический переход «и» на месте «е» в корне. В русском каноническом имени Моисей, в украинском — Мойсей, а форма Мойсий — это уже просторечный вариант, где конечное -ей перешло в -ий под влиянием мягких основ. Именно от этой народной формы и образована фамилия. Если бы предка звали строго по-церковному Моисей, фамилия звучала бы как Мойсеенко — такие варианты тоже встречаются, но реже.

Географически фамилия Мойсиенко привязана к центральным и восточным областям Украины: Полтавщина, Черкащина, Киевщина, а также южные регионы. В России она редка и встречается в основном в зонах поздних переселений украинских крестьян — на Кубани, в Ставрополье и на юге Поволжья. По сословной принадлежности предки Мойсиенко почти наверняка были казаками или крестьянами: в Речи Посполитой и Гетманщине фамилии на -енко долго оставались «низовыми», не дворянскими, и лишь в XIX веке их начали носить и мещане.

Интересно, что фамилия Мойсиенко не имеет ничего общего с польской фамилией Мойсевич (от той же основы, но с другим патронимическим суффиксом) или с еврейской фамилией Мойсес (где ударение на первый слог). Путаница возникает из-за библейского корня, но модели образования разные: -енко — чисто восточнославянский, украинский маркер. В документах XIX века встречаются варианты написания Мосиенко, Мойсiєнко (с «i»), а также Мойсеенко — это не ошибки, а отражение местных говоров и уровня грамотности писарей.