Фамилия Мозжакова — женская форма фамилии Мозжаков, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Мозжак. Основа здесь не самая очевидная: она не связана напрямую с анатомическим «мозгом», как может показаться на первый взгляд. Слово «мозжак» в старых русских говорах имело несколько значений, и все они указывают на конкретные человеческие качества или род занятий.

Самый вероятный источник — диалектное «мозжить», то есть бить, колотить, наносить удары. Отсюда Мозжак — драчун, задира, человек с тяжёлой рукой. Второе значение, зафиксированное в северных и сибирских говорах, — «мозгляк», то есть хилый, тщедушный человек. Казалось бы, значения противоположные, но в прозвищах такое встречается часто: одно и то же слово в разных местностях могло означать разные вещи. Третья, более редкая версия, связывает фамилию с глаголом «мозжать» — ныть, канючить, надоедать. В этом случае прозвище давали ворчливому или плаксивому человеку.

Суффикс «-ов» (в женском роде «-ова») — стандартный русский патронимический формант, указывающий на принадлежность: «чей?» — Мозжаков, то есть сын Мозжака. Фамилия типична для центральных и северных областей России, особенно для Вологодской и Архангельской губерний, где диалектное слово «мозжак» было в ходу. Встречаются и родственные фамилии: Мозжалин, Мозжухин, Мозжерин — все они образованы от одних и тех же корней, но с разными суффиксами.

Сословной принадлежности у фамилии нет: Мозжаковыми могли быть и крестьяне, и мещане, и служилые люди. В документах XVII века, например, упоминаются крестьяне Мозжаковы из-под Тотьмы. Никакой связи с «мозгами» как органом мышления здесь нет — это чисто бытовое прозвище, закреплённое в официальной фамилии. Сейчас фамилия остаётся редкой, но не исчезнувшей: её носители живут в основном на Русском Севере и в Сибири, куда переселялись северяне в XVIII–XIX веках.