Фамилия Муханчиков — один из тех случаев, когда за привычным русским суффиксом -ов скрывается нерусская, тюркская основа. Её разбор показывает, как в XVI–XVII веках на Руси осваивали иноязычные прозвища, превращая их в фамилии крестьян и служилых людей.

Корень фамилии — слово «муханча» или «муханчик». Скорее всего, это русифицированная форма тюркского имени или прозвища. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) основа «мухан» восходит к арабскому «Мухаммад» (прославленный), но в обиходной речи давала множество производных форм: Мухан, Муханек, Муханча. Суффикс -ча/-че в тюркских языках часто придаёт уменьшительно-ласкательный или уничижительный оттенок. Таким образом, «Муханча» могло означать «маленький Мухаммед» или быть прозвищем человека невысокого роста, носившего имя Мухан.

По модели образования фамилия типична для восточнорусских и поволжских земель. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Муханчиков — сын Муханчика. Такая форма характерна для фамилий, возникших в среде, где тюркские имена и прозвища были обычным делом — в слободах, на границе с Казанским ханством, среди служилых татар и крещёных инородцев. В отличие от фамилий на -ский, которые часто получали дворяне, Муханчиков — фамилия крестьянская или мещанская, без сословного блеска.

В документах фамилия встречается редко, что говорит о её локальном бытовании. Основной ареал — вероятно, территории современных Татарстана, Башкортостана, Оренбургской и Самарской областей. Встречаются и варианты написания: Муханчеков, Муханчиков с одной «н» (Муханчиков), но они не меняют сути.

Итак, предок современных Муханчиковых, скорее всего, жил в Поволжье или Приуралье, носил прозвище Муханча (уменьшительное от Мухаммад) и был человеком незнатным, но с явными тюркскими корнями. Фамилия не получила широкого распространения, но сохранила в себе память о межэтническом контакте и живой народной речи.