Фамилия Муханеева — женская форма фамилии Муханеев. Её основа, скорее всего, тюркская, что сразу указывает на географию происхождения: Поволжье, Приуралье, Западная Сибирь. В этих краях фамилии с суффиксом -еев (-ев) часто образовывались от мусульманских имён или прозвищ, адаптированных к русской словообразовательной модели.

Корень «Мухан» — это диалектный или упрощённый вариант арабского имени Мухаммад (Магомет). В тюркских языках, особенно у татар и башкир, имя «Мухаммад» в бытовой речи нередко сокращалось до «Мухан» или «Мухам». Соответственно, Муханеев — буквально «сын Мухана», то есть потомок человека по имени Мухан. Суффикс -еев здесь — вариант -ев, который присоединяется к основам, оканчивающимся на мягкий согласный (в данном случае на «н»).

Есть и менее вероятная, но возможная версия: связь с диалектным словом «муханый» — так в некоторых говорах могли называть человека смуглого или черноволосого (от «мухой» — тёмный, грязный). Однако для фамилий с явным восточным звучанием (Муханеев, Муханов, Мухаметов) антропонимическая модель «от имени» гораздо типичнее.

В документах фамилия встречается преимущественно среди татарских и башкирских родов, а также у казанских и сибирских татар. Встречаются написания с одной «н» — Муханеев, что не меняет этимологии. По сословной принадлежности предки Муханеевых могли быть как крестьянами, так и служилыми людьми (например, ясачными татарами, нёсшими повинности), но однозначных данных о дворянстве этой фамилии нет.

Таким образом, если вы ищете свою фамилию Муханеева, ваши предки, с большой вероятностью, были носителями тюркского имени Мухан — сокращённой формы имени пророка Мухаммада. Фамилия фиксирует отчество третьего поколения: не самого Мухана, а его внука или правнука, который уже обзавёлся постоянной родовой фамилией в XVIII–XIX веках.