Фамилия Мулико — пример редкой для русского слуха модели, где ударный суффикс -ко закрепился не на украинской или белорусской почве, а в южнорусских говорах. В отличие от массовых фамилий на -енко, форма Мулико тяготеет к западным и юго-западным областям России, где такие окончания встречались у крестьян и однодворцев. Основа здесь — прозвище Муля, которое могло возникнуть от глагола «муликать» (тянуть, мямлить, говорить невнятно) или от диалектного «муля» — ленивый, медлительный человек. В некоторых говорах «мулить» означало также тереть, натирать, отсюда прозвище могли дать работнику, занятому монотонной ручной работой.

Менее вероятна, но возможна связь с уменьшительной формой имени Емельян — в народе Емеля, Емуля, Муля. Если так, то Мулико — это «сын Мули», то есть потомок Емельяна. Однако в пользу прозвищного происхождения говорит сам суффикс: -ико в русских фамилиях чаще указывает на прямое прозвище, а не на отчество. Сравните с однокоренными Мулин, Муликов — они распространены шире, но Мулико сохранило старую патронимическую огласовку.

Географически фамилия встречается в Брянской, Смоленской, Калужской областях, реже — у потомков переселенцев в Сибири. В документах XVII–XVIII веков носители могли записываться как «Мулико» или «Мулик» — вторая форма встречается у казаков и однодворцев. Сословно фамилия не элитарная: предки, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками, а само прозвище не несло обидного оттенка, а просто описывало характер или манеру поведения.

Спорных версий здесь немного: попытки связать фамилию с тюркским «мулла» (священнослужитель) лингвистически слабы, так как финаль -ико нехарактерна для тюркских заимствований. Правдоподобнее всего — местное, чисто русское прозвище, которое со временем закрепилось как фамилия в форме, типичной для западнорусского пограничья.