Фамилия Мулилина — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, женское прозвище или диалектное слово. Сразу бросается в глаза суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — Мулилин, то есть сын или потомок Мулили. А вот женское окончание -а (Мулилина) закрепилось в документах, когда фамилию записывали на женщину или в форме «жена Мулилина».

Корень «Мулил-» почти наверняка восходит к глаголу «мули́ть». В русских говорах это слово имеет два полюса значений. Первое — «тереть, натирать, мозолить» (отсюда «мозоль»). Второе, переносное, — «надоедать, докучать, канючить». Человек, которого прозвали Мули́ла (женский вариант Мули́ля), мог быть нудным, приставучим, «мозолящим глаза». В некоторых диалектах «мулила» — это ещё и тот, кто медленно работает, копается.

Фамилия могла образоваться и от имени-оберега. В крестьянской среде ребёнку могли дать прозвище Мулила, чтобы отвадить от него назойливых духов или, наоборот, чтобы он не вырос нытиком — имя как бы «забирало» нежелательное качество.

Географически фамилия встречается крайне редко и тяготеет к центральным и северным регионам России, где сохранилась архаичная диалектная лексика. Встретить её можно в Вологодской, Костромской или Кировской областях — там, где «мулили» до сих пор помнят.

Важно не путать Мулилину с фамилией Мули́н, которая чаще происходит от тюркского имени Мула (мулла) или от слова «муль» (в значении «имущество»). У Мулилиной основа чисто русская, глагольная, и это сразу выделяет её среди похожих по звучанию фамилий.