Фамилия Мундукин образована по самой распространённой русской модели — от прозвища или имени с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Мундукин — «сын Мундуки» или «человек из рода Мундуки». Основа здесь — «Мундука», и именно её происхождение определяет всё значение фамилии.

Слово «мундука» или «мундук» в русских говорах не встречается, но есть в тюркских языках. В казахском, киргизском, татарском «мундук» — это седло, а точнее, передняя лука седла. Прозвище Мундука могли дать человеку, который делал сёдла, торговал конской сбруей или имел какую-то особенность, связанную с верховой ездой. Ремесленные прозвища такого типа (Седляр, Шорник) переходили в фамилии, и Мундукин — редкий, но логичный пример.

Вторая версия, менее вероятная, — от имени Мундук, которое восходит к тюркскому «мунды» («провинившийся», «виноватый»). В прошлом такие имена давали детям как оберег: считалось, что «плохое» имя отведёт злых духов. Однако прозвищное происхождение от ремесла выглядит убедительнее: фамилии на -ин от тюркских ремесленных терминов встречаются часто (Калашников, Башмаков, Скорняков), и Мундукин вписывается в этот ряд.

С географической точки зрения фамилия тяготеет к Поволжью и южным регионам России, где исторически были сильны тюркские влияния. Носители фамилии Мундукин встречаются в Оренбургской, Самарской областях, в Татарстане и Башкортостане. Это косвенно подтверждает связь с тюркским корнем.

Сословно фамилия не элитарная: скорее всего, она принадлежала крестьянам или казакам, занимавшимся ремеслом или коневодством. В дворянские родословные книги Мундукины не попали, что типично для фамилий, образованных от прозвищ простых людей.