Фамилия Мурзакимов — яркий пример того, как в русской фамильной модели закрепилось тюркское имя. Её основа — составное имя Мурзаким, которое восходит к двум тюркским словам: «мурза» (князь, знатный человек, господин) и «ким» (кто). Буквально имя можно перевести как «князь кто?» или «кто здесь господин?» — это не столько вопрос, сколько риторическое утверждение: «кто же, как не я, здесь главный». Такие имена-прозвища с частицей «ким» встречаются у тюркских народов и подчёркивают статус или самооценку носителя.

Русский суффикс -ов присоединился к основе Мурзаким, образовав типичную патронимическую фамилию со значением «сын Мурзакима». По модели образования фамилия стоит в одном ряду с такими, как Мурзабаев, Мурзагалиев, но отличается редкой второй частью «ким», что делает её менее распространённой. Если бы основа звучала как Мурзакай или Мурзакул, фамилия выглядела бы иначе — здесь мы видим фиксацию именно полной формы тюркского антропонима.

Вероятнее всего, фамилия сложилась в среде татарского или башкирского дворянства, а также среди служилых тюрков, которые переходили на русскую службу в XVI–XVII веках. «Мурза» — это не личное имя, а титул, который мог стать частью имени знатного человека. Со временем титул превратился в родовое прозвище, а затем и в фамилию. Встречаются варианты написания Мурзакимов и Мурзакемов, что связано с особенностями произношения гласных в тюркских языках.

Географически фамилия тяготеет к регионам Поволжья и Урала — Татарстану, Башкортостану, Оренбургской области. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках носители фамилии фиксировались в среде тептярей и башкир-вотчинников. Сейчас фамилия остаётся редкой, но встречается и за пределами этих регионов, вплоть до Средней Азии, куда предки могли переселиться в ходе миграций XIX–XX веков.