Фамилия Мурзакой — редкий пример, в котором тюркский корень соединился с румынским или молдавским суффиксом, что сразу указывает на географию её возникновения: историческая область Бессарабия, северные районы Молдовы и прилегающие земли Украины (Одесчина, Буковина).

В основе фамилии лежит тюркское слово «мурза» (от персидского «мирза» — «сын эмира», «князь», «знатный человек»). В Крымском ханстве и у ногайцев мурзой называли представителя высшего сословия, военного предводителя. Второй элемент — «кой» — может восходить к тюркскому «кой» (овца) или «кой» (деревня, селение), но в данной фамилии он, скорее всего, является частью составного имени или прозвища. Самая вероятная версия: Мурзакой — это тюркское составное имя, где к «мурза» добавился компонент со значением «богатый», «обильный» или «хозяин» (например, «кой» в значении «хозяин, владелец» в некоторых тюркских диалектах). Таким образом, исходное прозвище могло означать «знатный хозяин» или «княжеский богач».

Фамилию сформировал молдавский суффикс -ой, который в румынской ономастике часто указывает на принадлежность к роду или происхождение из определённого места (сравните: Мунтяну — «горец», Молдован — «молдаванин»). Фамилии на -ой в Молдове и на Буковине — обычное явление, и Мурзакой вписывается в эту модель: тюркское прозвище Мурзакой (или имя) получило румынское окончание, закрепившись как наследственное именование. Носители фамилии — потомки тех, кто в XVII–XIX веках жил на стыке культур, где тюркские (ногайские, татарские, турецкие) имена и прозвища свободно усваивались местным молдавским населением.

Других версий, например, связи с греческим или славянским корнем, нет — фамилия явно составная и несёт следы двух языковых традиций. Встречается она крайне редко, в основном в Молдове, на юге Одесской области Украины и среди потомков переселенцев из Бессарабии.