Фамилия Мусаэльян — один из ярких примеров того, как русский суффикс «прирос» к армянской основе. Её носители почти наверняка имеют армянские корни, а географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически селились армяне: Краснодарский и Ставропольский края, Ростовская область, а также Закавказье.

Разбираем словообразовательную модель. Основа — мужское личное имя Мусаэл. Это армянская форма библейского имени Моисей (Мовсес). В армянском языке имя звучит как Մովսես (Мовсес), но через греческое посредничество или под влиянием арабского (Муса) возникла форма Мусаэл. Суффикс -ян (в старой орфографии -янц) — типичный армянский патронимический показатель, означающий «принадлежащий к роду» или «потомок». То есть Мусаэльян — буквально «из рода Мусаэла», «сын Мусаэла». Интересно, что в русском языке фамилия получила дополнительное окончание — пустой звук, который не меняет смысла, но подчиняет фамилию правилам русской грамматики (склоняется как существительное мужского рода: Мусаэльяна, Мусаэльяну).

По способу образования фамилия относится к самой массовой армянской модели. В ономастике её обычно классифицируют как антропонимическую — произведённую от личного имени. Никакого прозвища или ремесла за ней не стоит: предок носителя был просто человеком по имени Мусаэл. Сословной принадлежности фамилия не указывает: её могли получить и крестьяне, и ремесленники, и священники. В армянской среде такие фамилии на -ян встречаются у всех слоёв населения, и попытка привязать их к дворянству или духовенству без дополнительных данных — спекуляция.

В русском контексте фамилия примечательна тем, что сохранила исконное армянское ударение на последнем слоге (МусаэльЯн), хотя в бытовой речи иногда смещается на второй слог (МусАэльян). Первое — нормативно. Встречаются варианты написания: Мусаелян (без мягкого знака) — это результат упрощения на письме, но исходная форма с «ь» точнее передаёт армянское произношение, где «л» смягчается.

Коротко: фамилия Мусаэльян — это армянский патроним от имени Мусаэл (Моисей), образованный по стандартной модели с суффиксом -ян. Ничего экзотического или спорного в этимологии нет. Предки — армяне, носившие это имя, а фамилия закрепилась за их потомками уже на русской почве.