Фамилия Мусальников — одна из тех, где за простым звучанием скрывается целый пласт народной речи и быта. Её основа — прозвище или нецерковное имя Мусальник, которое, скорее всего, получил человек, носивший мусал. Что такое мусал? В южнорусских и украинских говорах так называли большую деревянную колотушку, пест или тяжёлый молот, которым дробили соль, толкли зерно, били лён. Человек, чьей работой был такой инструмент — например, соледробильщик или крупоруш — мог получить прозвище Мусальник. Суффикс -ник здесь типичен для названий лиц по орудию труда (как Мельник, Кожевник, Коваль).

Вторая, менее очевидная версия отсылает к слову «мусалы» — так в диалектах называли кости, особенно крупные, а иногда и части скелета. В этом случае Мусальником могли прозвать костоправа, живодёра (работавшего с тушами) или просто очень худого, костлявого человека. Обе версии укладываются в логику русских прозвищ: они редко бывают случайными и почти всегда указывают на занятие, внешность или особенность поведения.

Фамилия образована по стандартной модели: к основе Мусальник прибавили патронимический суффикс -ов, который в русском языке отвечал на вопрос «чей сын?». То есть Мусальников — буквально «сын Мусальника». Такая модель была самой массовой в центральной России и на севере, а вот в южных краях чаще встречались фамилии на -енко. Географически Мусальниковы тяготеют к регионам, где говорили с «аканьем» и где был распространён сам мусал как инструмент: это Тамбовская, Воронежская, Рязанская, Курская области. Встречается фамилия и на Урале, куда переселенцы принесли свои прозвища.

Редкость фамилии объясняется тем, что слово «мусал» и его производные уже в XIX веке были диалектными и уходили из употребления. В отличие от фамилий на -ов от очевидных профессий (Кузнецов, Плотников), Мусальников сохранил память о локальном, почти забытом ремесле. Среди однокоренных — фамилия Мусалов, где основа короче, без суффикса -ник, и Мусальский, которая могла возникнуть в польской или украинской среде.