Фамилия Мушканцев — наглядный пример того, как в русской ономастике редкая основа сочетается с типовым суффиксом. Она образована по стандартной модели «основа + -ев», где суффикс указывает на принадлежность («чей?»). В центре внимания — прозвище или мирское имя Мушканец.

Самая вероятная версия связывает основу с диалектным словом «мушка» — так в некоторых южнорусских и украинских говорах называли не только насекомое, но и мелкую монету, крапинку, а также шутливое прозвище маленького или юркого человека. В таком случае Мушканец — это человек с приметой «мушка» (например, с родинкой на лице, которую тоже называли мушкой) или носитель прозвища Мушка. Суффикс -ец в основе указывает на лицо по характерному признаку: Мушканец — тот, кто имеет отношение к «мушке». Затем, по законам русской фамильной модели, его сын или потомок стал Мушканцевым («чей сын?» — Мушканцев).

Менее распространённая, но возможная версия — топонимическая. В некоторых регионах (особенно на западе бывшей Российской империи, в нынешней Беларуси и Польше) существовали хутора и урочища с названием Мушканцы или Мушканы. Если предок происходил из такого места, его могли прозвать Мушканцем (выходцем из Мушканцев), а его потомки закрепили фамилию с окончанием -ев.

Что примечательно: фамилия Мушканцев не относится к числу распространённых. Она встречается точечно, в основном в центральных областях России и на юге, что косвенно подтверждает её прозвищное, а не массовое топонимическое происхождение. В отличие от фамилий на -ов (Мушканов), которые могли возникнуть от того же корня, вариант с -ев и основой на -ец — более редкий и локальный. Спорных гипотез здесь нет: обе версии рабочие, но прозвищная выглядит убедительнее из-за отсутствия известных крупных сёл с таким названием.