Фамилия Мушкатель — довольно редкая и звучит не по-русски. Её происхождение почти наверняка связано с польским или западноукраинским словом muszkatel. Так в старину называли сладкое виноградное вино, а также сорт винограда, из которого его делали (современный мускат). Человек, получивший прозвище Мушкатель, мог быть виноделом, торговцем вином или просто любителем этого напитка. В пользу «винной» версии говорит и суффикс -ель, который встречается в польских фамилиях, образованных от названий профессий или товаров.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с итальянским muscatiere (мушкетер). Однако для превращения в «Мушкатель» это слово должно было пройти через польское посредничество, а польские мушкетеры назывались muszkieter. Разница в окончании существенна: -ель вместо -ер — это именно западнославянский, а не военный след. Поэтому «виноградная» этимология выглядит убедительнее.

Фамилия не имеет типичного русского суффикса принадлежности (-ов, -ин), что указывает на её позднее закрепление в среде мещан или однодворцев на западных территориях Российской империи — в Беларуси, на Волыни или в Подолье. Встречается она и в современной Польше, где может писаться как Muszkatel. В России носители фамилии Мушкатель — это, скорее всего, потомки переселенцев с запада, сохранивших исходное прозвище в неизменной форме.