Фамилия Мушкатова — женская форма, образованная от мужской Мушкатов. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Мушкат. Слово «мушкат» в русских говорах имело несколько значений, и чтобы понять, от какого именно пошла фамилия, нужно разобраться в географии и контексте.

Самое прямое значение — «мускатный орех» или «мускатный цвет» (пряность). В старину торговцы пряностями или люди, имевшие отношение к их продаже, могли получить прозвище Мушкат. Однако в центральной России, где мускат был редкостью, такое прозвище скорее дали бы за пристрастие к чему-то сладкому или пахучему, либо в насмешку.

Есть и другая, более прозаичная версия. В южнорусских и украинских говорах «мушкат» — это разновидность винограда, из которого делали мускатные вина. Предок-виноградарь или винодел вполне мог получить такое прозвище. В этом случае фамилия Мушкатов — типичная «ремесленная» фамилия, указывающая на занятие.

Третья версия связана с тюркскими языками, где «муш» или «мушк» могло означать «мышь» или что-то мелкое, серое. Но это менее вероятно для фамилии с суффиксом -ов, характерным для русской ономастики.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: Мушкатов — сын Мушката. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская. Географически она чаще встречается в южных областях России и в Поволжье, что косвенно подтверждает виноградную версию. Встречается также вариант Мушкатов — та же фамилия, но с ударением на второй слог.