Фамилия Мушкатерова образована от прозвища Мушкатер, и в её основе лежит сразу две равноправные версии, каждая из которых по-своему объясняет, кем был предок. Первая и самая очевидная отсылает к слову «мушкетер» — солдату, вооруженному мушкетом. В России такие военные появились при царе Михаиле Фёдоровиче, когда создавались полки нового строя, обученные по европейскому образцу. Полк тогда состоял из 3000 человек, из которых 1200 были пикинерами, а остальные — мушкетерами; само слово произносили на немецкий манер, как «мусцетьер». Эти полки просуществовали до 1698 года, когда их упразднил Пётр I. Позже, с середины XVIII века и до 1811 года, мушкетерскими в России называли линейные полки, хотя на деле они были вооружены уже не мушкетами, а ружьями-фузеями; Александр I переименовал их в пехотные. Так что предок-Мушкатер вполне мог быть профессиональным военным, но не исключено, что прозвище закрепилось за ним не из-за службы, а из-за буйного, вспыльчивого нрава, который в народе сравнивали с «пальбой» из мушкета.

Вторая версия уводит в другую сторону — от слова «мушкатель», старинного названия сорта винограда и вина из него. В этом случае прозвище Мушкатер могло указывать на любовь к этому напитку или на пристрастие к торговле им. Но есть и более тонкий нюанс: у слова «мушкатель» было и переносное значение, связанное с цветом. Мушкательным называли темно-коричневый, почти каштановый оттенок, и тогда Мушкатером могли прозвать человека с волосами такого цвета. Эта версия менее известна, но именно она добавляет фамилии объёма: за одним прозвищем могут стоять и военная выправка, и ремесло винодела, и просто внешность.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для русских фамилий: к прозвищу Мушкатер добавили притяжательный суффикс -ов, получилась форма «Мушкатеров», а женский вариант Мушкатерова — это та же фамилия, но с окончанием, указывающим на женщину. Такой тип фамилий закреплялся за потомками человека, которого в округе знали по прозвищу, и со временем передавался по наследству уже как официальное семейное имя. Судя по всему, фамилия не получила широкого распространения и осталась скорее локальной, что типично для прозвищ, привязанных к конкретному роду. Слабая версия, что прозвище могло произойти от названия пряности мускат, не выдерживает критики: в русских говорах закрепилась именно форма «мушкатель», а не «мускатер», так что связка с вином или цветом волос выглядит правдоподобнее. Так или иначе, потомок человека с прозвищем Мушкатер со временем получил фамилию, которая сегодня звучит как Мушкатерова.