Фамилия Мушкатов — хороший пример того, как русская фамилия может быть образована от прозвища, связанного с миром животных, но не самым очевидным образом. В основе лежит слово «мушкат». В русских говорах так называли самца мускусной утки, а также — реже — небольшого хищного зверька, вроде хорька или ласки. Человек мог получить прозвище Мушкат за внешнее сходство (небольшой рост, юркость, темный цвет волос) или за особенности характера: подвижность, неусидчивость, склонность к мелким хитростям.

Суффикс -ов указывает на типичную модель русских фамилий второй половины XVI–XVII веков: Мушкат → Мушкатов, то есть «сын Мушката», «из рода Мушката». Фамилия закрепилась в среде служилых людей и крестьянства, но географически тяготеет к южнорусским и центральным областям — Воронежской, Тамбовской, Рязанской губерниям, где слово «мушкат» было в ходу.

Любопытно, что фамилия Мушкатов не имеет отношения к пряности мускат (орех). Слово «мускат» пришло в русский язык из латыни через посредство немецкого или польского, а «мушкат» — это народная переделка, которая в говорах закрепилась именно за уткой. Поэтому предки Мушкатовых могли быть не торговцами пряностями, а охотниками, птицеводами или просто людьми, получившими меткое прозвище.

В написании фамилии возможны варианты с одной «т» (Мушкатов) и с двумя (Мушкаттов), но исторически верным считается одинарное, так как исходное прозвище было коротким. Среди носителей фамилии встречаются как крестьянские роды, так и потомки однодворцев — особой категории южнорусского населения, занимавшей промежуточное положение между крестьянами и мелкопоместным дворянством.