Фамилия Мушкимова — женская форма, а её мужской вариант — Мушкимов. В основе фамилии лежит прозвище, имя или географическое название, а ключ к разгадке — корень «мушк-».

Самый вероятный источник — тюркское слово «мушк» (мускус, благовоние) или производное от него имя Мушка. В татарском, башкирском и других тюркских языках «мушк» означало ароматную субстанцию, которую ценили на Востоке. Мушкой могли прозвать человека, который торговал благовониями, сам источал сильный запах (например, работал с кожами, дубильными веществами) или получил имя-пожелание: чтобы жизнь его была «ароматной», удачной. Встречается и мужское имя Мушка — уменьшительная форма от Муслюм (мусульманин) или Муса (библейский Моисей). В этом случае фамилия Мушкимов — «сын Мушки» (с тюркским притяжательным суффиксом).

Менее распространённая, но возможная версия — связь с русским диалектным словом «мушка» (то же, что муха, мошка). В северных говорах «мушкой» называли мелкую мошкару, а переносно — суетливого, мелкого, назойливого человека. Однако суффикс «-им» в этом случае нехарактерен для чисто русской модели: обычно от «мушка» образовали бы Мушкин или Мушков. Поэтому тюркское происхождение убедительнее.

Суффикс «-ов» в фамилии Мушкимов — стандартный русский патронимический показатель, который добавляли к тюркским основам при русификации. Фамилия могла возникнуть в среде поволжских татар, башкир или мишарей, а затем закрепиться у русских и других народов. Географически она встречается в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области, а также среди казанских татар, переселившихся в Сибирь.

Итак, предок носителя фамилии Мушкимов, скорее всего, был тюркоязычным человеком, которого звали Мушка — или по имени-оберегу, или по профессии, связанной с ароматическими товарами. Фамилия не древняя, формировалась в XVIII–XIX веках в процессе учёта населения.