Фамилия Мушкунова — женская форма, а её мужской вариант Мушкунов — тюркского происхождения. Основа «мушкун» или «мушкул» восходит к слову, означающему «трудный», «сложный», «затруднительный». В тюркских языках, особенно в башкирском и татарском, «мушкүл» (мөшкөл) имеет именно такое значение. Вероятнее всего, прозвище Мушкун давали человеку, который славился упрямством, неуживчивостью или, наоборот, человеку, с которым было трудно договориться из-за его сложного характера. Впрочем, не исключён и другой вариант: прозвище могло быть дано по обстоятельствам рождения — ребёнок, появившийся на свет в тяжёлых родах, мог получить имя Мушкун как оберег, чтобы отпугнуть злые силы.

Суффикс «-ов» в фамилии Мушкунов — классический русский патронимический показатель, указывающий на принадлежность: «сын Мушкуна». Такая модель образования характерна для фамилий, возникших у тюркоязычных народов, попавших в зону русского культурного и административного влияния, особенно в Поволжье и Приуралье. Сама фамилия довольно редкая и имеет чёткую географическую привязку. По данным открытых источников, основные очаги фамилии Мушкуновых находятся в Челябинской и Оренбургской областях, а также в Башкортостане. Это регионы, где исторически жили башкиры, татары и мишари, принимавшие православие или сохранявшие ислам, но получавшие фамилии по русской модели.

Встречается и вариант написания Мушкулов, где конечное «-л» вместо «-н» — результат диалектного произношения или адаптации при записи в метрических книгах. В любом случае, перед нами фамилия, которая прямо указывает на психологическую или ситуативную характеристику предка, а не на его профессию или место жительства.