Фамилия Муштанов образована от прозвища Муштан. Оно же, скорее всего, восходит к киргизскому глаголу «мушта» (который переводится как «наносить удар») или узбекскому слову «мушт» (то есть «кулак»). Вполне вероятно, что это прозвище относится к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на род деятельности человека: возможно, предок современного носителя фамилии Муштанов был сильным воином. Не исключено также, что прозвище Муштан получил выходец из деревни Мушта, которая располагалась в Киргизской волости. Кроме того, существует гипотеза, что прозвище Муштан этимологически связано с русским глаголом «муштать», то есть «знать, понимать». Исходя из этого, можно предположить, что основатель рода Муштановых был умным, сообразительным человеком. Таким образом, потомок человека, которого звали Муштан, со временем получил фамилию Муштанов.