Фамилия Муштатов образована от прозвища или мирского имени Муштат, а то, в свою очередь, восходит к слову «муштат» — так в южнорусских и украинских говорах называли того, кто бьет, колотит, «муштует». Глагол «муштать» означал «бить, колотить, наносить побои». Соответственно, прозвище мог получить человек буйного нрава, драчун, либо, напротив, строгий начальник или военный, который «муштровал» подчиненных.

Вторая, менее очевидная версия, связывает фамилию с тюркскими корнями. В татарском и башкирском языках «мушта» (мөштә) — это «кулак», а «муштат» могло быть прозвищем силача или кулачного бойца. Однако в пользу славянской версии говорит характерный суффикс -ат-, который в русских прозвищах часто указывал на обладателя какого-либо качества или действия (ср. Горлат, Бородат). Фамилия закрепилась в форме Муштатов под влиянием стандартной модели на -ов, то есть буквально «сын Муштата».

Фамилия редкая и имеет четкую географическую привязку. Основной ареал — юг России: Ростовская область, Краснодарский и Ставропольский края, а также восток Украины. Встречается она и в казачьих списках, что неудивительно: в казачьей среде прозвища, связанные с воинским делом и крепким нравом, были обычным делом. Муштатовы, скорее всего, происходили из крестьян или казаков, где прозвище давалось за характер или род занятий, а не за сословную принадлежность.

Словообразовательная модель проста: основа Муштат- + фамильный суффикс -ов. По своему типу это типичная русская «патронимическая» фамилия, но не от христианского имени, а от мирского прозвища. В письменных источниках фамилия фиксируется с XIX века, например, в метрических книгах Области Войска Донского. Носителей среди дворянства нет — фамилия однозначно народная, крестьянско-казачья.