Фамилия Муссалитин — одна из тех, где за привычным русским суффиксом скрывается нерусская, скорее всего, тюркская основа. Если отбросить фамильный суффикс -ин (указывающий на принадлежность: «чей?» — сын Муссалиты), остаётся корень Муссалит-. Самая вероятная версия: это русифицированная форма арабского имени Мусалит (или Мусаллит), которое в переводе означает «дающий силу», «укрепляющий». В тюркской среде, особенно у татар и башкир, такие имена с корнем «салит» (сила, мощь) были распространены, и при попадании в русскую документацию они часто обрастали типичными окончаниями.

Менее распространённая гипотеза связывает фамилию с прозвищем Муссал — якобы от диалектного слова, обозначающего человека с грубой, «мосластой» фигурой (от «мосол» — большая кость). Но это объяснение натянутое: прозвищная форма «Муссал» в русских говорах не зафиксирована, а фамилии с таким корнем (Мосолов, Мосалитин) имеют другую морфологию. Версия с восточным именем выглядит убедительнее ещё и потому, что фамилия географически привязана к волго-уральскому региону, где столетиями жили крещёные татары и мишари.

Обратите внимание на суффикс -ит- в основе. В русских фамилиях, образованных от крестильных имён, он редок (сравните: Мусатов — от Муса, а Муссалитин — от Муссалит). Это дополнительный аргумент в пользу того, что имя-основа не славянского происхождения, а заимствованное, причём адаптированное на слух: арабское «Мусаллит» русские писцы могли записать как «Муссалит», удвоив «с» для твёрдости произношения.

Таким образом, предок носителя фамилии Муссалитин, скорее всего, был человеком по имени Мусалит (или Муссалит) — выходцем из татарской или башкирской среды, принявшим православие. Фамилия закрепилась за его потомками в форме притяжательного прилагательного, как это было принято в русском делопроизводстве XVI–XVII веков. Встречается она преимущественно в Поволжье и на Урале, что подтверждает её восточные корни.