Фамилия Муссоев — редкий случай, когда географический и языковой корень просматривается почти сразу, но трактовка всё равно остаётся неоднозначной. Основа фамилии — личное имя Мусса, которое в русской среде чаще всего воспринимается как вариант библейского Моисей (Моисей → Мосей → Муса). Однако в фамилии Муссоев работает не столько библейская, сколько тюркская или кавказская традиция: имя Муса (ударение на первый слог) широко распространено у народов Северного Кавказа, татар, башкир. В осетинском, чеченском, ингушском, кумыкском языках это имя давали в честь пророка Мусы (Моисея), но оно стало самостоятельным, без отсылки к русскому звучанию. Суффикс «-ев» указывает на русскую модель образования фамилии — «чей?» — то есть «сын Муссы». Двойная «с» в корне — характерная черта для передачи тюркских и кавказских имён через русскую графику: в исходнике часто одна «с», но на письме её удваивают, чтобы сохранить твёрдость произношения (сравните: Асса, Мусса).

Географически фамилия Муссоев тяготеет к Северному Кавказу и Поволжью. В осетинской среде она встречается у дигорцев, в чеченской — как вариант фамилии Мусаев (с тем же значением, но с другим суффиксальным оформлением). В татарских и башкирских родах фамилия могла возникнуть от имени Мусса (Муса) с русским патронимическим окончанием. Интересно, что в дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках фамилия почти не фиксируется — это говорит о её относительно позднем оформлении, скорее всего, в XIX — начале XX века, когда представители горских и тюркских народов получали паспорта и русские чиновники записывали их по отчеству.

Словообразовательная модель проста: личное имя Мусса + суффикс принадлежности «-ев». Это типичный русский патроним, но с иноязычной основой. Фамилия не имеет отношения к мусульманскому термину «мусульманин» или к слову «мусс» (франц. mousse — пена) — это случайное звуковое совпадение. Социальный контекст: носители фамилии Муссоев в большинстве своём — потомки крестьян, горцев или служилых людей, принявших православие или сохранивших ислам, но получивших русскую фамилию по отцу. Единственное, что можно сказать точно: предок носителя фамилии носил имя Мусса, и это имя было достаточно значимым, чтобы закрепиться в родовом прозвании.