Фамилия Мусьтаков — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа не встречается в частотных списках русских прозвищ и имён, поэтому разбор приходится начинать с поиска возможного корня, а не с географии.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), то есть Мусьтаков — потомок человека по прозвищу или имени Мусьтак. Вопрос в том, что такое «Мусьтак». Наиболее вероятная версия — тюркское происхождение. В ряде тюркских языков (татарском, башкирском, казахском) слово «мустак» или «мусьтак» может означать «ус», «усище» или быть вариантом имени Мустафа (через форму Мустак — уменьшительное или диалектное). Если так, то прозвище Мусьтак могли дать человеку с заметными усами или, реже, как народную адаптацию арабского имени Мустафа («избранный»). В пользу тюркской версии говорит и сама фамилия: носители Мусьтаковых чаще встречаются в регионах Поволжья и Урала, где исторически сильны тюркские влияния, хотя точная статистика по фамилии невелика.

Менее вероятная, но возможная гипотеза — связь с русским диалектным словом. В некоторых говорах «муська» означало «мордашка», «личико», а «мусьтак» могло быть шутливым прозвищем для чистюли или щёголя. Однако это объяснение слабее: суффикс -ак в русских прозвищах чаще образует названия по действию или предмету, а не по части лица. К тому же в письменных источниках (например, в словаре В. Даля) слово «мусьтак» не зафиксировано.

Фамилия могла возникнуть в среде крестьян или служилых людей, которые получали прозвища от соседей по внешним признакам или по происхождению. В дворянские родословные книги Мусьтаковы не попали — это фамилия народная, без аристократической истории. Её редкость объясняется тем, что основа не вошла в массовый обиход: тюркские корни в русских фамилиях часто оставались локальными, не распространяясь за пределы одного уезда или деревни.

Таким образом, скорее всего, Мусьтаков — потомок человека по прозвищу Мусьтак, которое восходит к тюркскому «ус» или к имени Мустафа. Фамилия хранит следы межэтнических контактов в русской провинции, и её носитель с высокой вероятностью имеет корни в татаро-башкирской или чувашской среде.