Фамилия Мустфин — редкая и с неочевидным корнем. На первый взгляд она напоминает татарские или башкирские фамилии на -ин, образованные от личных имён, но здесь есть нюанс. Основа «Мустф-» явно восходит к арабскому имени Мустафа (Mustafa — «избранный», один из эпитетов пророка Мухаммеда). Однако в тюркской среде это имя обычно давало фамилии Мустафин или Мустафьев. Двойное «ф» и звук «и» в середине — не опечатка, а указание на другой путь заимствования.

Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища или диалектной формы имени. В некоторых тюркских говорах, особенно у казанских татар и мишарей, имя Мустафа могло произноситься как «Мустфа» или «Мустфи», с редукцией гласного. От этой усеченной основы и пошел суффикс -ин, типичный для русской модели оформления фамилий из тюркских корней (ср. Ахметшин, Хайруллин). То есть предка носителя фамилии звали не полным именем Мустафа, а уменьшительно-бытовым Мустфа, и в документах его записали как «Мустфин сын» — отсюда и нестандартное написание.

Вторая, менее вероятная, версия связывает фамилию с арабским словом «мустафи» (مستفي) — «избранный» или «чистый», но в русской передаче оно дало бы форму Мустафиев или Мустафин. Двойное «ф» в Мустфине может быть результатом поздней орфографической путаницы или влияния просторечного произношения.

Географически фамилия встречается в Татарстане, Башкортостане и в диаспорах волжских татар. Социально это почти наверняка потомки крещёных татар или мусульман, получивших фамилию при переписях XIX века. Никакого дворянского или купеческого следа в открытых источниках не прослеживается — фамилия осталась в крестьянско-мещанской среде. Редкость написания с двумя «ф» делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если в архивах встретится Мустфин, это не ошибка писаря, а отдельная ветвь рода, отличная от многочисленных Мустафиных.