Фамилия Мустифин — один из тех случаев, когда в основе лежит не славянское слово, а имя или прозвище, пришедшее из тюркских языков. Корень «мустафа» или «мустифа» восходит к арабскому имени Мустафа (в переводе «избранный»), одному из эпитетов пророка Мухаммеда. В тюркской среде, особенно у татар и башкир, это имя было распространено, и от него образовалось множество фамилий: Мустафин, Мустафьев, а также Мустифин. Разница в написании — «Мустифин» вместо более частого «Мустафин» — может быть следствием местного произношения или ошибки при записи в метрических книгах.

Суффикс «-ин» указывает на русскую модель образования фамилии: «чей?» — «Мустифин», то есть сын Мустифы. Такая форма типична для фамилий, возникших в среде крещёных татар или башкир, а также в смешанных русско-тюркских регионах Поволжья и Приуралья. Унбегаун в своём «Словаре русских фамилий» относит подобные образования к группе, где тюркское имя становится основой, а русский суффикс оформляет её в фамилию.

Вторая, менее вероятная версия, связывает фамилию с диалектным словом «мустиф», которое могло означать либо прозвище человека с определённым характером, либо искажённое «мустафа» в местных говорах. Однако письменных подтверждений этой гипотезы мало, и ономасты обычно склоняются к версии с арабским именем.

Географически фамилия Мустифин встречается реже, чем Мустафин, и преимущественно в Татарстане, Башкортостане и соседних областях. В дореволюционных источниках её носители — в основном крестьяне и мещане, без указания на дворянство или знатное происхождение. Сословный состав типичен для фамилий, образованных от личных имён: предки не принадлежали к элите, а были обычными людьми, получившими фамилию по отцу.

Если говорить о социальном контексте, то фамилия Мустифин — пример того, как арабское имя, пройдя через тюркскую среду, получило русское окончание и закрепилось в документах. Это не редкая, но и не массовая фамилия, и её носители могут с равной вероятностью происходить как из татарских, так и из русских семей, принявших ислам или имевших смешанные корни.