Фамилия Мутапов образована по самой распространённой в русской ономастике модели — с помощью суффикса -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — Мутапов. Основа здесь — прозвище или личное имя Мутап.

Самый вероятный источник этого имени — тюркские языки, откуда в русские говоры проникло слово «мутап» или близкие к нему формы. В ряде тюркских наречий «мутап» означало «упрямый», «своенравный» или «непослушный». Такое прозвище могли дать человеку с крутым нравом, который не уступал в споре или делал всё по-своему. Впрочем, не исключено, что Мутап — это искажённое арабское имя Мутаз (означает «прославленный», «могущественный»), которое в просторечии могло упроститься. Но для русской фамильной традиции характернее брать за основу бытовое прозвище, а не книжное имя.

Географически фамилия Мутапов тяготеет к регионам, где исторически было сильное тюркское влияние: Поволжье, Приуралье, Западная Сибирь. Встречается она и у татар, и у башкир, и у русских, живших в смешанных с тюрками местностях. Сословного барьера эта фамилия не знала: Мутаповыми могли быть и крестьяне, и казаки, и мещане.

В написании фамилии есть одна особенность: ударение в ней, скорее всего, падает на второй слог — Мута́пов. Если бы ударным был первый слог (Му́тапов), фамилия звучала бы по-другому, но тюркская основа «мута́п» подсказывает именно такое произношение.

Таким образом, фамилия Мутапов — это типичная «прозвищная» фамилия, закрепившаяся за родом, в котором предок выделялся характером или, возможно, внешностью. Сегодня она редкая, но не единичная: её носители живут в разных частях России, и каждый из них носит в фамилии отголосок давнего прозвища.