Фамилия Мужилинская — женская форма, образованная от мужской фамилии Мужилинский. Эта модель типична для фамилий польского, украинского или белорусского происхождения, где суффикс -ский/-цкий указывал на принадлежность к месту или роду. В русской традиции такие фамилии часто получали дворяне и духовенство, но в XIX веке они широко распространились и среди крестьян, особенно после отмены крепостного права, когда многим давали фамилии по названиям деревень или прозвищ.

Основа фамилии — «мужил-». Самый прямой путь к значению лежит через слово «мужик». В древнерусском языке «мужик» — уменьшительное от «муж», то есть взрослый мужчина, крестьянин, свободный человек (в отличие от холопа). Однако фамилия Мужилинский вряд ли произошла напрямую от «мужика» с суффиксом -ин-: скорее, здесь промежуточная форма — прозвище Мужила. Суффикс -ил- в русских прозвищах часто придавал оттенок деятеля или носителя признака (сравните: служила, водила). Мужила могли назвать человека с ярко выраженными «мужицкими» чертами — простого, грубоватого, сильного, либо того, кто работал в поле, был крестьянином по происхождению, но жил в городе или прислуживал.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «мужить» (становиться взрослым, мужать) или «мужилить» (тяжело работать, надрываться). Тогда Мужила — это человек, который «мужилит», то есть трудится до изнеможения. В любом случае, прозвище указывало на социальный статус или род занятий, а фамилия закрепила это в родовом имени.

Географически фамилия Мужилинская редкая. Встречается в основном на западе России, в Беларуси и на Украине, что подтверждает её польско-литовские корни. Если предки носили такую фамилию, они могли быть выходцами из деревни Мужилино или Мужилин — такие топонимы есть в бывших землях Речи Посполитой. В XIX веке носители фамилии записывались в основном как мещане или государственные крестьяне, реже — как однодворцы. Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках не зафиксировано, что говорит о её простонародном происхождении.