Фамилия Мышев напрямую связана с прозвищем Мышь, которое в старину давали человеку за сходство с этим зверьком. Чаще всего такое прозвище отражало характер: скромность, незаметность, тихий нрав, а иногда и скуповатость, склонность делать большие запасы. Поэтому потомок человека с прозвищем Мышь со временем получал фамилию Мышев.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: к основе «Мышь» добавили суффикс притяжательного прилагательного «-ев», который в русских фамилиях указывал на родство — «сын Мыша». Такая модель типична для огромного пласта русских фамилий, образованных от прозвищ, и в этом плане Мышев ничем не отличается от, скажем, Котова или Соколова.

Однако в случае с Мышевым есть один нюанс, который делает фамилию интереснее. Основа «мышь» в древнерусском языке была мягкой, женского рода, и от неё ожидалось бы окончание «-ин» (как у фамилии Мышин). Наличие же суффикса «-ев» говорит о том, что прозвище Мышь могло быть оформлено по мужскому типу склонения, либо фамилию зафиксировали в форме, которая уже успела адаптироваться под более распространённый стандарт. Это редкий случай, когда морфология фамилии хранит следы живой разговорной речи прошлого.

Не исключено и другое прочтение. В некоторых говорах «мышью» могли называть не только человека с тихим нравом, но и того, кто отличался хитростью, умением «прошмыгнуть» незаметно. В этом случае прозвище носило бы не укоризненный, а скорее уважительно-ироничный оттенок.

Географически фамилия Мышев встречается рассеянно по всей России, без ярко выраженного регионального гнезда, что типично для прозвищных фамилий, возникших независимо в разных местах. Известных исторических личностей с этой фамилией, оставивших заметный след в документах допетровской эпохи, не зафиксировано — это говорит о том, что род был, скорее всего, крестьянским или посадским, а сама фамилия оформилась поздно, в XVII–XVIII веках, когда прозвища массово закреплялись за потомками.