Фамилия Мыськин — редкий пример, где за основу взято не имя и не профессия, а прозвище, образованное от названия животного. В её основе лежит слово «мысь» — так в некоторых русских говорах, особенно в северных и сибирских областях, называли рысь. Рысь — зверь осторожный, быстрый и нелюдимый, поэтому прозвище Мыська могли дать человеку с похожими чертами: скрытному, зоркому, обладающему резкими движениями или нелюдимому.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для сельской среды: к основе «Мысь» добавили суффикс -к-, который в русских говорах часто использовался для образования уменьшительных или обиходных прозвищ (сравните: Костька, Ванька). Затем появился суффикс притяжательного прилагательного -ин, указывающий на принадлежность: «Мыськин» — буквально «чей?» — сын Мыськи. Такая модель была особенно распространена на севере и северо-востоке России, в новгородских и вятских землях.

Интересно, что фамилия Мыськин встречается в основном в Вятской губернии и соседних регионах — это косвенно подтверждает её диалектное происхождение. В центральных областях рысь чаще называли «рысью» или «рыскухой», а «мысь» — слово более архаичное, сохранившееся именно в северных говорах. Есть и альтернативная версия: в некоторых говорах «мысью» называли белку (за схожий окрас или пушистый хвост), но это толкование менее распространено и документально почти не подтверждено.

Родственные фамилии — Мысов, Мысин, Мысков — образованы от тех же корней, но с другими суффиксами. Мыськин же стоит особняком благодаря суффиксу -к-, который придаёт прозвищу оттенок простонародности и бытовой близости. Носитель этой фамилии в XVIII–XIX веках, скорее всего, происходил из крестьян или мещан северных губерний, а его предок получил своё прозвище за сходство с диким лесным зверем.