Основой фамилии Мызин послужило мирское имя Мызя. Наличие второго, мирского (внутрисемейного) имени было своеобразной данью древней славянской традиции двуименности. Фамилия Мызин, вероятно, происходит от мирского имени Мызя, в основе которого лежит аналогичное диалектное нарицательное. В южнорусских говорах мызей называли неженку, избалованного человека. Даля есть родственное слово «мизун» — «баловень, любимец». Также имя Мызя может быть связано с украинским глаголом «мизати» — «ласкаться». Поэтому Мызей родители, скорее всего, назвали своего долгожданного сына, которого горячо любили и баловали. По другой версии, имя Мызя этимологически связано с украинскими словами «мизинный» — «младший, маленький», «мизинец» — «младший ребенок». Соответственно, имя Мызя родители могли дать ребенку, желая подчеркнуть миниатюрность своего малыша. Подобные мирские имена (Малик, Малюк, Малец, Малек, Малой) были очень распространены в XI—XVI веках среди всех сословий и на всей территории расселения восточных славян. Кроме того, фамилия Мызин может вести свое начало от прозвища Мыза, которое восходит к украинскому слову «мизатий» — «толстощекий». Исходя из этого, прозвище Мыза указывало на определенные внешние особенности предка. Согласно еще одной гипотезе, прозвище Мыза образовано от нарицательного «мыза» — «отдельный загородный дом с хозяйством, хутор, заимка». Соответственно, прозвище Мыза мог получить владелец или арендатор мызы. Однако слово «мыза» пришло в русский и украинский языки из финского и эстонского, при этом употреблялось в основном в Петербургской губернии. Поэтому данная версия происхождения фамилии Мызин представляется менее вероятной. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Мызя, со временем получил фамилию Мызин.