Фамилия Наганенко — яркий пример украинской модели фамилии, образованной с помощью суффикса -енко. В украинской ономастике этот суффикс исторически означал «сын» или «потомок», то есть Наганенко — это буквально «сын Нагана».

Спорная и самая интересная часть — основа «Наган». Здесь возможны два основных пути происхождения, и ни один из них не является однозначно доказанным, но правдоподобность у них разная.

Первая и самая очевидная версия — от названия револьвера «наган». Это оружие было широко распространено в Российской империи и СССР, особенно в первой половине XX века. Если фамилия возникла в это время, её мог получить либо человек, владевший таким револьвером, либо тот, кто его изготавливал или ремонтировал. Однако фамилии на -енко активно формировались в XVI–XVIII веках, а револьвер Нагана появился только в конце XIX века. Для массового фамильного прозвища это слишком поздний срок, хотя единичные случаи не исключены. Скорее всего, это народное переосмысление более древней основы.

Вторая, более убедительная версия — от личного имени или прозвища «Наган». В славянской традиции так могли называть человека с каким-то характерным признаком. Корень может восходить к тюркскому «нага» (нога) — тогда прозвище могли дать человеку с необычной походкой или хромотой. Либо к диалектному слову «наган» — так в некоторых говорах называли упрямого, настойчивого человека, «наганяющего» страх или порядок. В пользу этого говорит то, что в украинских и южнорусских говорах есть глагол «наганяти» (нагонять, догонять).

Географически фамилия Наганенко почти наверняка происходит из центральной или восточной Украины (Полтавщина, Черкащина, Слобожанщина) — именно там суффикс -енко наиболее типичен для крестьянских и казацких фамилий. В дворянской среде такие фамилии не встречались.

Таким образом, предок современных Наганенко, скорее всего, был запорожским или слободским казаком, крестьянином или мещанином, которого в XVII–XVIII веках прозвали Наганом за какой-то характерный признак — возможно, за упрямство или особенность походки. А его дети стали писаться как Наганенко — «Нагановы дети».