Фамилия Наганская звучит звонко и тревожно, сразу наводя на мысль об оружии. Однако в русской ономастике прямой путь «от револьвера» — самый неправдоподобный. Фамилия образована от названия населённого пункта, а не от предмета.

В основе лежит топоним Наган (или Наганы) — такое имя носят несколько сёл и речек на территории России, Беларуси и Украины. Житель такого места получал прозвище Наганец, а его потомки уже записывались как Наганские. Суффикс -ск- в фамилии — классический признак дворянского или шляхетского происхождения, но в XIX веке по этой модели массово давали фамилии и бывшим крестьянам, переселившимся из одной деревни в другую. Так что предки носителя фамилии Наганская с высокой вероятностью были выходцами из села с корнем «наган-».

Сам топоним, скорее всего, восходит к тюркскому слову «нагай» (ногаец) или к башкирскому «наған» (чистый, ясный). В Поволжье и на Урале часто встречаются речки и урочища с таким названием, оставшиеся от кочевых народов. Менее вероятна, но не исключена связь с польским «nagana» (порицание, выговор) — тогда прозвище могло закрепиться за сварливым или строгим человеком.

Любопытно, что в дореволюционных метрических книгах фамилия почти не встречается — она редкая. Основной ареал её бытования сегодня — юг России и восток Украины, что дополнительно указывает на регион, где тюркская топонимика смешалась со славянской фамильной моделью. Никакого отношения к оружейнику Нагану фамилия не имеет: тот появился в обиходе позже, чем сложились эти фамильные гнёзда.