Фамилия Наганев — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от фамилий на -ов/-ев, образованных от крестильных имён или профессий, здесь мы имеем дело с нестандартной моделью, что и составляет главную загадку.

Сразу бросается в глаза суффикс -ев. Он однозначно указывает на патроним (отчество) или матроним: Наганев значит «сын Нагана». Но что такое «Наган»? Самый очевидный вариант — прозвище, данное по оружию. Револьвер системы «наган» был широко известен в России с конца XIX века, особенно после 1917 года. Однако прозвища по оружию обычно давали не за обладание им, а за внешнее сходство или манеру поведения. Вряд ли «Наганом» называли спокойного человека — скорее, резкого, «стреляющего», вспыльчивого. Эта версия правдоподобна, но датирует фамилию поздним временем (конец XIX — начало XX века).

Есть и другая, более глубокая гипотеза. Корень «наган» может быть тюркским или монгольским. В тюркских языках, например, слово «нага» (или «нагай») означает «старший брат матери», «дядя по материнской линии». В татарском «нагана» — родственник по матери. Если это так, то Наганев — это не «сын револьвера», а «сын дяди» или «сын родственника по материнской линии». Такая модель образования фамилии от термина родства встречается реже, но она возможна, особенно в регионах с сильным тюркским влиянием (Поволжье, Урал, юг России).

Наконец, нельзя исключать, что фамилия происходит от топонима. Существуют населённые пункты с похожими названиями (например, Наганово в Челябинской области). В этом случае Наганев — потомок выходца из деревни Наганово или Нагани.

Словообразовательная модель проста: основа «Наган» + суффикс принадлежности -ев. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Нага́нев (от «наган» — револьвер) или Нагане́в (от тюркского корня). Встречаемость фамилии невысока, и в дореволюционных списках она почти не фиксируется, что склоняет к версии о позднем происхождении — от прозвища по оружию.