Фамилия Наглиня — редкий случай, когда географический акцент в написании перевесил исходный смысл. Перед нами украинская или южнорусская фамилия, образованная по продуктивной модели на -ня. В русском языке фамилии на -ня нехарактерны, зато в украинской ономастике это обычный способ оформления прозвищ и названий по признаку: например, Мовчун, Крикун, Хвастун. Наглиня, скорее всего, идёт от того же корня, что и прилагательное «наглый» — дерзкий, бесстыжий, но в украинском языке слово «наглий» может означать ещё и «внезапный», «стремительный» (сравните с польским nagły — внезапный). Таким образом, прозвище Наглиня могли дать человеку за его нахальство либо за порывистый, неожиданный характер.

Словообразовательный суффикс -я в фамилиях такого типа выполняет роль субстантиватора: он превращает прилагательное или глагол в существительное — носителя признака. Наглиня буквально означает «наглец» или «тот, кто наглый». Модель типична для украинских фамилий, которые фиксировались в реестрах казаков и мещан: скажем, фамилии Лиханя, Скоробогатя, Негодя. Если бы фамилия возникла в великорусской среде, она скорее приняла бы форму Наглов или Наглин — с суффиксами -ов/-ин.

Написание с конечным -я, а не -а (Наглиня, а не Наглина) — ключевая деталь. В документах XIX века такие фамилии могли записывать на слух, и украинское окончание -я нередко сохранялось даже в русскоязычных метриках. Это указывает на происхождение из регионов, где был распространён украинский тип фамилий: Левобережная Украина, Слобожанщина, южные губернии России (Воронежская, Курская, область Войска Донского). Поиск по современным базам показывает, что носители фамилии Наглиня встречаются в основном в Украине и в приграничных областях России.

Версия о связи с латышским или литовским корнем (nagli — «гвоздь») маловероятна: фамилия не имеет характерных балтских суффиксов и не фиксируется в Прибалтике. Более правдоподобно, что это чисто славянское прозвище, которое со временем утратило отрицательный оттенок и стало фамилией.