Фамилия Наглюк — редкий случай, когда прозвищная основа почти наверняка перешла в фамилию без промежуточного крестильного имени. Её ядро — глагол «наглить» или прилагательное «наглый», то есть дерзкий, бесстыжий, нахальный. Суффикс -юк характерен для западноукраинской и белорусской ономастики: он типичен для Волыни, Полесья, Подолья и Галиции. В этих регионах фамилии на -юк (Петрюк, Иванюк, Грицюк) образовывались от имён, но прозвищные варианты вроде Наглюк или Злюк тоже встречаются — просто реже.

Вероятнее всего, родоначальник получил уличное прозвище Наглюк за поведение: либо за прямоту и резкость, граничащую с наглостью, либо за то, что в конкретной ситуации пошёл наперекор общине. В среде крестьян и казаков такие прозвища не обязательно несли осуждение — дерзость могла цениться как качество бойца или спорщика. Позже, когда в XIX веке на западнорусских землях начали массово закреплять фамилии за крестьянскими семьями, прозвище записали в документах как Наглюк, и оно закрепилось за потомками.

Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с диалектным словом «наглый» в значении «скорый, внезапный» (ср. «наглая смерть» в старорусском языке). Тогда Наглюк — человек, который действует быстро и неожиданно. Но большинство ономастов склоняется к первому толкованию, поскольку в живой речи «наглый» почти не сохранило нейтрального значения.

Фамилия Наглюк почти не встречается за пределами Украины и прилегающих областей Беларуси. Единичные носители есть в России, но это, как правило, потомки переселенцев конца XIX — начала XX века. В списках дворянских родов фамилия не значится — она однозначно крестьянская или мещанская по происхождению. По этой же причине нет и широко известных исторических персонажей с такой фамилией: она осталась в локальном быту, не попав в официальные элиты.