Фамилия Наиева — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все остальные версии происхождения. Это типичная патронимическая фамилия, образованная от женского имени Наия, которое в русской традиции практически не встречается, зато широко распространено у народов Кавказа. Скорее всего, основа фамилии — аварское или чеченское женское имя Наия, имеющее арабские корни и означающее «высокая», «возвышенная» или «сияющая». В аварском языке, например, имя Наия (Наият) не редкость, и фамилия Наиева указывает на то, что родоначальником семьи была женщина с таким именем.

Суффикс -ева указывает на принадлежность: «дочь Наии» или «потомок Наии». Модель образования фамилий от женских имён встречается реже, чем от мужских, но в горских обществах Дагестана и Чечни это не редкость, особенно если женщина была уважаема, обладала влиянием или родословная велась по материнской линии. В русской паспортной системе фамилия получила стандартное окончание -а, закрепившееся за женщинами, а мужской вариант — Наиев.

Если отбросить кавказскую версию, можно предположить, что Наиева — это русифицированная форма тюркской фамилии, образованной от имени Наиль (Наиль — «дар», «подарок»), но тогда логичнее было бы ожидать форму Наильева или Наилева. Фонетическое сходство с еврейским именем Наама (Наоми) тоже возможно, но маловероятно из-за отсутствия характерных для идиша суффиксов. Поэтому наиболее убедительной остаётся версия о дагестанском или чеченском происхождении, где имя Наия сохраняет живую употребительность.

Встречаемость фамилии крайне низкая. В открытых базах данных (например, в списках избирателей или телефонных справочниках) Наиева фиксируется преимущественно в республиках Северного Кавказа — Дагестане, Чечне, Ингушетии, а также в среде выходцев оттуда в крупных городах России. Это не дворянская и не купеческая фамилия — она бытовала в среде горских народов, где фамилии в современном понимании появились относительно поздно, в XIX–XX веках, при советской паспортизации.

С точки зрения словообразования фамилия проста: корень Наи- и суффикс -ев/-ева. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Наи́ева. Важно не путать её с похожей фамилией Наева, которая может происходить от древнерусского прозвища Най (найдёныш) или от имени Наум. В случае с Наиевой кавказский след почти не оставляет сомнений.