Фамилия Наумитова — женская форма, а мужская, Наумитов, образована по типичной для русских фамилий модели: основа + суффикс -ов. Этот суффикс указывает на принадлежность: «чей сын?» — «Наумитов», то есть потомок человека по имени или прозвищу Наумит. Сама основа здесь — неканоническое личное имя или прозвище Наумит. Оно явно связано с крестильным именем Наум (от древнееврейского «утешитель»), но с необычным суффиксом -ит, который в русской антропонимии встречается редко и обычно придаёт слову оттенок уменьшительности, пренебрежительности или просто фиксирует народную форму.

В XVII–XIX веках в северных и центральных губерниях России (Вологодская, Архангельская, Вятская) встречались фамилии от производных форм имени Наум: Наумов, Наумычев, Наумкин. Наумитов стоит в этом ряду особняком. Скорее всего, прозвище Наумит дали человеку с именем Наум в бытовой, неофициальной среде — например, в крестьянской общине или среди казаков, где любили переделывать имена на свой лад. Суффикс -ит мог возникнуть под влиянием местных говоров или как искажение при записи фамилии в церковных книгах (писарь мог записать «Наумитов» вместо «Наумитов» от формы «Наумит», путая с другими суффиксами).

География фамилии сегодня неширокая: носители встречаются в Поволжье, на Урале и в Сибири, что косвенно подтверждает версию о миграции крестьян из северных районов в XIX веке после отмены крепостного права. Вторая, менее вероятная гипотеза — связь с тюркскими корнями, где «наум» или «наумит» могло быть заимствованным именем, но для этого нет убедительных лингвистических оснований: фамилия чётко вписывается в славянскую словообразовательную модель.

Таким образом, предки современных Наумитовых — скорее всего, крестьяне или посадские люди, носившие имя Наум, которое в быту превратилось в прозвище Наумит. Фамилия редкая, и её главная ценность для исследователя — в сохранении нестандартной народной формы, не попавшей в массовые справочники.