Фамилия Назаратий — редкий случай, когда церковное имя превратилось в фамилию почти без изменений, сохранив свою первоначальную форму. В основе лежит каноническое имя Назарий, которое восходит к древнееврейскому назорей — «посвящённый Богу», «отшельник». В русской традиции имя Назарий было распространено в среде духовенства и крестьянства, но фамилия образовалась не через привычные суффиксы -ов, -ев или -ин, а через украинский или польский суффикс -ий, который часто встречается в фамилиях западнорусских земель.

Суффикс -ий в фамилии Назаратий указывает на её происхождение с территории современной Украины, Беларуси или юго-западных областей России. В отличие от великорусских фамилий на -ов, которые означали принадлежность отцу («чей сын?»), модель на -ий передавала прозвище или именование по личному имени без дополнительного суффикса принадлежности. То есть Назаратий — это буквально «человек по имени Назарий», но в диалектной или документальной записи имя застыло в форме фамилии. Похожие примеры — фамилии Григорий, Василий, которые встречаются в украинских метриках как фамильные прозвища.

Вероятнее всего, предок носителя фамилии был либо выходцем из духовного сословия, где имя Назарий давали в честь святого мученика Назария, либо крестьянином, которого в официальных бумагах записали просто по имени, без отчества, что было распространено в XVII–XVIII веках в Речи Посполитой и на землях, входивших в состав Российской империи после разделов Польши. Форма Назаратий, а не Назарий, могла возникнуть из-за диалектного произношения с твёрдым «т» или под влиянием греческого написания имени (Ναζάριος), где в русской передаче появляется лишний слог.

Ономастический словарь Б. Унбегауна не фиксирует эту фамилию как массовую, что подтверждает её редкость. В современных базах данных фамилия Назаратий встречается преимущественно в западных регионах России и на Украине, отдельные носители есть в Молдове. Если ваша фамилия именно такая, скорее всего, предки жили на границе украинских и польских земель, где церковнославянские имена сохранялись в народной речи дольше, чем в центральной России.