Оно ведет свое начало от слова "небога", которое в некоторых областях России, а также на Украине и в Белоруссии употреблялось в значениях "бедняк, нищий", "убогий", "калека", "несчастный", "бедующий". Для того чтобы не искушать судьбу и отвести зло, детям давались провища со значением прямо противоположным тому, что ожидали или желали родители для детей. В данном случае, надеясь иметь красивого и здорового мальчика, родители назвали его Небогой. Не даром в старину говорили: "Вот тебе, Боже, что нам негоже". Кроме того, Небогой нередко в народе величали племянника или просто дальнего родственника. поэтому не исключено, что прозвище можно мотивировать этим значением.