Фамилия Небогатова — женская форма фамилии Небогатов, и её происхождение напрямую связано с прозвищем, которое могло звучать как Небогатый. В основе лежит прилагательное «небогатый», то есть «бедный», «не имеющий достатка». Такое прозвище в русских деревнях давали человеку не в обиду, а как констатацию факта: крестьянину, у которого земли и скота было меньше, чем у соседей. Иногда так называли того, кто, напротив, не сорил деньгами, вёл скромный образ жизни, но это уже более поздняя трактовка.

Интересна модель образования: в отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ев, здесь основа — полное прилагательное, а не имя или название профессии. Сравните: Небогатов — как Бедняков или Богатов, но с отрицанием. Такие фамилии встречаются реже, чем отчественные, и часто возникали в среде, где социальное положение было важной характеристикой человека — среди крестьян, однодворцев, казаков. Филолог Борис Унбегаун в своём «Словаре русских фамилий» относил подобные образования к группе «фамилий, указывающих на имущественное положение».

Географически фамилия Небогатова (и её мужской вариант) наиболее характерна для южнорусских регионов — Ростовской, Волгоградской областей, а также для Кубани. В XVIII–XIX веках на Дону и Кубани прозвище Небогатый действительно фиксировалось в казачьих станицах: бедный казак, не имевший коня или оружия, получал такую кличку, которая затем закреплялась за его потомками. Встречается фамилия и на Урале, что объясняется переселенческими потоками.

Ударение в фамилии обычно падает на второй слог: Небога́това, хотя в диалектах возможно смещение на третий. Вариант с ударением на «о» (Небо́гатов) встречается реже и может указывать на иное происхождение — от прозвища, связанного со словом «бог» (например, «не бог дал»), но эта версия менее убедительна: в народной среде скорее назвали бы бедного человека «небогатым», чем придумывали сложную конструкцию с отрицанием божественного.