Фамилия Небогатых звучит как застывший ответ на вопрос «чей ты?» — она принадлежит к старой северорусской модели фамилий на -их/-ых, распространённой в Архангельской, Вологодской, Вятской губерниях и в Сибири, куда переселенцы унесли этот обычай. Такая форма указывала на принадлежность целому роду: Небогатых — значит «из семьи Небогатого». Это не единичное прозвище, а целое гнездо, и в нём встречаются и Небогатовы, и Небогатые, и Небогатко.

В основе фамилии лежит прозвище Небогатый. Чаще всего так закрепляли за бедным, неимущим человеком — то есть прозвище описывало реальное положение дел. Но не будем спешить с выводами: у слова «богатый» в старом языке был более широкий смысл, чем просто «имеющий деньги». Богатым называли и того, у кого был хороший урожай, и многодетного отца, и вообще удачливого хозяина. Соответственно, Небогатым могли прозвать крестьянина, который собирал скудный урожай со своего надела, или человека, у которого было мало детей. В этом случае прозвище несло не столько укор, сколько констатацию факта.

Существовала и другая традиция — «охранительная». В крестьянской среде верили, что имя или прозвище может сглазить ребёнка: назовёшь желанного сына Богатым — и он вырастет нищим. Поэтому, надеясь иметь красивого и здорового мальчика, родители нарочно называли его Небогатым, чтобы отвести беду. Такая практика была широко распространена, и в этом случае прозвище не отражало достаток семьи, а служило оберегом.

В исторических документах упоминаются носители этого прозвища: Небогатый князь Иван Васильевич Голибесовский-Стародубский, живший в начале XVI века, и Небогатый Исаакович Дубровин, дьяк князя Дмитрия Жилки, упомянутый в 1509 году. Возможно, кто-то из них стал отдалённым родоначальником Небогатых, но утверждать это нельзя — прозвище встречалось в разных слоях общества, и род мог возникнуть в любом из них. Потомок человека с прозвищем Небогатый со временем получал фамилию Небогатых, и так закреплялась память о предке, который либо жил скромно, либо был назван так в надежде на лучшее будущее для своих детей.