Фамилия Небогатов напрямую связана с прозвищем Небогатый, которое в старину давали человеку, не имевшему достатка. Речь шла не о нищем, а скорее о середняке, у которого всего было в меру: и имущества, и земли, но явно меньше, чем у соседей. Впрочем, исследователи допускают и другие толкования. Например, Небогатым могли называть крестьянина, чей надел приносил скудный урожай, или отца, у которого родилось мало детей — в патриархальной Руси многодетность считалась настоящим богатством.

Прозвище возникло от прилагательного с отрицательной частицей «не», то есть буквально «не богатый». Такая модель характерна для русской ономастики: подобным образом появились фамилии Несмеянов, Некрасов, Неустроев. Изначально это были мирские имена-обереги, призванные защитить человека от зависти и сглаза: назовешь сына Небогатым — и он, вопреки пророчеству, проживет жизнь в достатке.

Исторические документы сохранили имена реальных носителей этого прозвища. В начале XVI века упоминается князь Иван Васильевич Голибесовский-Стародубский по прозвищу Небогатый, а в 1509 году — дьяк князя Дмитрия Жилки Небогатый Исаакович Дубровин. Оба — люди служилые, а не крестьяне, что говорит о широком распространении прозвища в разных сословиях. Возможно, именно от кого-то из них и пошел род Небогатовых.

Фамилия закрепилась по стандартной для XVI–XVII веков модели: к прозвищу отца добавили суффикс -ов, означающий принадлежность. Таким образом, Небогатов — это сын Небогатого, потомок того самого человека, которого когда-то так прозвали за скромный достаток или малодетность.