Фамилия Небогатов образована от личного прозвища Небогатый и относится к распространенному типу русских фамилий, построенных по модели «прозвище + суффикс -ов». Этот суффикс указывал на принадлежность: Небогатов буквально значит «сын Небогатого», «из рода Небогатых». Такой способ образования был одним из самых массовых в XVI–XVII веках, когда у крестьян и посадских людей закреплялись наследственные семейные именования.

Прозвище Небогатый в первую очередь закреплялось за бедным, неимущим человеком. Это прямое значение корня, и оно очевидно. Однако лексикографы и историки допускают и другие, менее заметные толкования. Возможно, Небогатым называли крестьянина, который собирал скудный урожай со своего земельного надела, — то есть прозвище отражало не столько достаток, сколько качество хозяйства. Не исключено также, что так говорили о человеке, у которого было мало детей, — в патриархальной среде многодетность считалась благословением, и её отсутствие могло стать поводом для насмешливого или сочувственного прозвища.

В исторических документах прозвище зафиксировано довольно рано. Упоминаются Небогатый князь Иван Васильевич Голибесовский-Стародубский, начало XVI века, и Небогатый Исаакович Дубровин, дьяк князя Дмитрия Жилки, 1509 год. Обе записи относятся к служилой среде, что любопытно: прозвище, указывающее на бедность, носили люди, явно не принадлежавшие к низам общества. Возможно, в этих случаях оно имело иронический оттенок или подчёркивало скромность достатка относительно знатного рода. Кто-то из этих людей вполне мог стать основателем рода Небогатовых, но документально подтвердить прямую линию нельзя.

О точном месте и времени возникновения фамилии Небогатов говорить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на столетия, и одна и та же фамилия могла независимо появиться в разных регионах. Однако сам факт раннего упоминания прозвища в документах начала XVI века говорит о том, что корни фамилии уходят в эпоху Московского царства, когда наследственные именования только начинали складываться.