Фамилия Небользин образована от прозвища Небольза — «небольшой», «невысокий». В русских говорах слово «небольза» встречалось в значении «малорослый человек», «коротышка». Суффикс -ин указывает на принадлежность: Небользин буквально значит «сын Небользы». Это типичная модель для русских фамилий, восходящих к прозвищам, описывающим внешность человека.

В отличие от фамилий на -ов, которые образуются от основ на твёрдый согласный, -ин присоединяется к основам на -а/-я. Сравните: Небользин — как Пушкин, Репин, Ильин. Такая модель особенно распространена в северных и центральных областях России, где прозвища на -а были обычны.

Корень «небольз-» родственен прилагательному «небольшой». Но в древнерусском языке существовало и слово «больза» — «польза», «выгода». Поэтому возможна и вторая, менее вероятная версия: Небольза могли прозвать человека, от которого мало проку, «небольшого» в переносном смысле. Однако первое объяснение — по росту — проще и встречается в ономастических словарях чаще.

Фамилия редкая, нечастотная. Встречается в основном в Поволжье и на Урале — регионах, куда в XVII–XVIII веках переселялись крестьяне из центральных губерний. Сословно предки Небользиных, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми: прозвища по внешности давали в среде, где фамилии только складывались, а не передавались по наследству в дворянских родах.

Сегодня фамилия сохраняет память о прозвище, которое когда-то дали невысокому человеку. Никаких известных исторических деятелей с этой фамилией нет, что типично для фамилий такого типа — они остались в народной среде, не попав в дворянские родословные книги.